Situé dans la zone sahelo saharienne en plein coeur de la boucle du Niger, Goundam est l'un des cinq cercles de la région de Tombouctou dont il est distant de 97km.

Le cercle de Goundam est limité à l'Est par le cercle de Diré, au Nord-Ouest par la République islamique de Mauritanie, au Nord par le cercle de Tombouctou et au Sud par le cercle de Niafunké.